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Les objectifs généraux étaient les suivants : d'accompagner et promouvoir le projet de réforme institutionnelle et hospitalière du Ministère de la Santé du Maroc (MS) ; de contribuer au renforcement de la veille et de la sécurité sanitaire du Maroc ; d'instaurer un programme national d’accréditation des laboratoires de santé publique du MS dans le cadre du plan national d’assurance qualité (PNAQ) ; et de promouvoir le projet de développement de la recherche scientifique et technique dans le système de la santé.